Федеральное казенное  учреждение «Главное бюро медико-социальной экспертизы по Республике Башкортостан», именуемое в дальнейшем «Главное бюро», является федеральным государственным учреждением, финансируемым из федерального бюджета. Федеральное казенное учреждение «Главное бюро медико-социальной экспертизы по Республике Башкортостан» создано в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации от 16 декабря 2004 года № 1646-р.

Главное бюро находится в ведомственном подчинении Федерального медико-биологического агентства.

      В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти», постановлениями Правительства Российской Федерации от 6 апреля 2004 года № 165 «Вопросы Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию» и от 30 июня 2004 года № 325 «Об утверждении положения о Федеральном агентстве по здравоохранению и социальному развитию» Федеральное агентство по здравоохранению и социальному развитию осуществляет полномочия собственника федерального имущества, в пределах определенных федеральными законами, актами Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации.